La Universidad Nacional de Loja en base a las exigencias y demandas de la población crea en el año de 1969 la Facultad de Ciencias Médicas con la carrera de Medicina Humana, cuyo currículo se caracterizó por la corriente flexneriana de la época, organizada por departamentos y predominio de la atención curativa individual de las enfermedades, lo cual marcó la formación de los profesionales en la carrera.

En 1977 se crea la Escuela de Enfermería como respuesta a la necesidad de formación de profesionales en esta rama en la ciudad y provincia de Loja. Su estructura académica inicial estuvo conformada por seis ciclos (tres años), confiriéndose el título de Enfermera General. Posteriormente surge la necesidad de mejorar la calidad de atención por lo que se propone el ciclo complementario de Licenciatura, confiriendo el título de Licenciada en Enfermería. El programa de estudios se lo realizó recogiendo las necesidades del campo ocupacional y de las perspectivas de la profesión coherentes con la realidad social de ese tiempo.

En el año de 1990 se crea la Escuela de Tecnología Médica, con la especialización en Laboratorio Clínico, entregando en 1994 a la comunidad lojana y al país la primera promoción de  Tecnólogos Médicos. El 27 de agosto de 1998 el H. Consejo Universitario autoriza la creación y puesta en marcha de la “Licenciatura en Laboratorio Clínico” como  programa autofinanciado.

En el año 2001, se crea la carrera de Odontología, para contribuir a la solución de la problemática de salud buco dental de la RSE y del País.

En  septiembre del 2005,  se  analizó la necesidad de formar profesionales en el ámbito de la salud mental, con enfoque de atención integral esto es en la  promoción de la salud mental, prevención e intervención de los trastornos mentales creando la carrera de Psicología Clínica.

En 1991, se crea  el Nivel de Postgrado, como necesidad social e institucional de contar con profesionales de formación de cuarto nivel, que permita ofertar una atención especializada, para contribuir a solucionar la problemática de salud enfermedad de la región sur del Ecuador y del país, iniciándose con los programas de las especialidades de Gíneco-obstetricia, Pediatría, Medicina Interna, Cirugía y Anestesia.

Con la finalidad de ampliar la atención integral se implementa los programas de Maestría en Salud Pública, Medicina Familiar, Hebeatría y Enfermería Clínico Quirúrgico en convenio con diferentes instituciones en el ámbito de la salud. Además se ha ejecutado Diplomados en Gerencia en servicios de Salud y Epidemiología.

En el año 2004, se desarrolla la maestría de Salud familiar y comunitaria como parte del Proyecto de Atención Integral de Esmeraldas, en el cual la Universidad Nacional de Loja fue ganadora del concurso ofertado por la Comunidad Europea.

Todos estos programas de cuarto nivel de formación se implementan mediante convenios interinstitucionales y de cooperación de nivel local, nacional e internacional, lo que ha permitido fortalecer la formación de los profesionales y con ello contribuir a mejorar la atención  y la salud de la población.

En el 2002, como parte de la nueva estructura académico administrativa el Nivel Técnico Tecnológico, se inicia con el  programa de formación de Promotores en Salud Comunitario en la provincia de Loja  en convenio con el Proyecto Espacios Saludables y la OPS. En el 2003 se crea las carreras de Auxiliar de Enfermería nivel Técnico Superior; Secretariado Médico y Tecnología en Radiología e Imagen Diagnóstica y en el año 2006  se implementa la tecnología en Emergencias y Desastres, carreras que surgen como respuesta a las necesidades sociales e institucionales de la región Sur.

Durante toda su trayectoria esta Unidad Académico Administrativa, se ha caracterizado por mantener vínculos con la comunidad como resultado de lo cual proporciona a la ciudadanía servicios especializados en el ámbito de su competencia.

Así mismo, la investigación se ha constituido en un soporte esencial durante los procesos de formación académica de los profesionales y la investigación generativa se encuentra entregando sus primeros resultados a través de proyectos tales como: Recuperación Histórica del Patrimonio Cultural de Salud en La Región Sur del Ecuador y Norte del Perú, Soberanía y Seguridad Alimentaria.