El IDISE basa su gestión en las siguientes estrategias de trabajo:

• La integración efectiva entre los docentes/investigadores y los estudiantes  de las diferentes Carreras de la Universidad Nacional de Loja para la conformación de los equipos multidisciplinarios  de investigación.
• La búsqueda y establecimiento de alianzas estratégicas con centros de investigación, nacionales e internacionales.
• Permanente aplicación y mejoramiento de software para la gestión de los indicadores socioeconómicos.
• Actualización de los bancos de proyectos para cada una de las líneas de investigación dirigida a docentes, estudiantes y egresados.
• Estructuración de un equipo de becarios responsables de la administración de las bases de datos y cálculo de indicadores.
• Conformación de un equipo editorial para la publicación de los trabajos de investigación del IDISE.
• Ejecución de los planes de capacitación anual para el fortalecimiento de las capacidades técnicas del personal relacionado al IDISE, en torno a las líneas de investigación.
• Socialización permanente del trabajo y logros del IDISE entre los entes universitarios y otros de carácter externo.
• Participación en convocatorias públicas de consultoría.