De acuerdo a diversas fuentes de información que se encuentran recogidas en revistas editadas en lo que hoy es el Área Agropecuaria y de Recursos Naturales Renovables, el H. Consejo Universitario de la Junta Universitaria, el 25 de septiembre de 1943, expidió el acuerdo que en una de sus partes, dice: Crear en la Junta Universitaria de Loja, una Facultad de Ciencias en la que funcione una Escuela de Ingeniería Agronómica, una Escuela de Minas y una Escuela de Arquitectura…”. Este acuerdo fue aprobado por el Ministerio de Educación Pública el 8 de octubre y el Poder Ejecutivo, decretó la creación de la Universidad Nacional de Loja, compuesta de dos facultades: Jurisprudencia y Ciencias Sociales; y, Ciencias, el 9 de octubre de 1943.
El 25 de diciembre de 1945 se inauguró la Facultad de Ciencias, en un acto académico en el teatro Bolívar, después de 10 meses de iniciadas las actividades académicas.
Posteriormente se sustituyeron las Escuelas de Minas y Arquitectura por la de Química Industrial que funcionó poco tiempo, ésta luego fue sustituida por la Escuela Superior de Medicina Veterinaria creada el 13 de octubre de 1950; es así que el H. Consejo directivo de la Facultad de Ciencias el 18 de enero de 1951 autoriza la matrícula a los primeros estudiantes en Medicina Veterinaria.
La Facultad de Ciencias en el año 1950 con la creación de la Carrera de Medicina Veterinaria toma el nombre de Facultad de Agronomía y Veterinaria. En el año lectivo 1974 – 1975 el H. Consejo Directivo cambia la denominación de la Escuela de Medicina Veterinaria por Escuela de Medicina Veterinaria y Zootecnia; asimismo, decide crear las Escuelas de Ingeniería Forestal e Ingeniería Agrícola, promoviendo una diversificación académica que brinda un relevante aporte al desarrollo agrícola del país. En el año de 1975 cambia su nombre por el de Facultad de Ciencias Agropecuarias.
El 21 de noviembre de 1979 por resolución del H. Consejo Universitario, la Escuela de Medicina Veterinaria y Zootecnia es elevada a la categoría de Facultad de Ciencias Veterinarias, quedando la Facultad de Ciencias Agropecuarias, integrada por las Escuelas de Ingeniería Agronómica, Ingeniería Forestal e Ingeniería Agrícola, y conservará su actual denominación hasta la aprobación del presupuesto correspondiente al ejercicio económico de 1980, pasando luego a denominarse Facultad de Ciencias Agrícolas.
La Universidad Nacional de Loja cuenta en la actualidad con tres estaciones experimentales agropecuarias, localizadas en tres zonas ecológicas diferentes, desde 1945; la finca la Argelia que se ve incrementada en su superficie en el año de 1953 cuando se adquiere 35 ha de la Hacienda Punzara y en 1973, 84,2 ha adicionales. A partir de 1979 se cuenta con las fincas del Padmi y de Zapotepamba, en las que se instalaron importantes ensayos experimentales para generar y validar tecnología agropecuaria.
La infraestructura y los laboratorios se han incrementado en unos casos y en otros se han mejorado disponiendo de lo siguiente:
Laboratorio de sanidad vegetal; laboratorio de suelos, aguas y bromatología; laboratorio de Química; Laboratorio de Fisiología Vegetal; Laboratorio de Dendrocronología; laboratorio de Topografía; Centro de Computo; Laboratorio Ambiental; Laboratorio de Diagnóstico Integral Veterinario; Laboratorio de Hidráulica y riegos; Hospital Docente Veterinario; Herbario Reinaldo Espinosa; Jardín Botánico; Parque Universitario de Educación Ambiental y Recreación “Ing. Francisco Vivar Castro”, Centro Integrado de Geomática Ambiental (CINFA); Centro de la madera; Centro de mecanización agrícola; biblioteca, planta de semillas en Paltas.
Además tiene El Centro Binacional de formación técnica de Zapotepamba que cuenta con el siguiente equipamiento: centro de computo, laboratorio para análisis de suelos, Laboratorio de Química-Biología, Programas productivos: Bovino, Caprino, porcino, aves, hortalizas, cultivos expansivos, abonos orgánicos, planta procesadora de productos agropecuarios.
Durante los últimos años es importante el aporte del HERBARIO Reinaldo Espinosa y del Centro de Geomática Ambiental CINFA, que han ejecutado varios proyectos de investigación en alianza con diferentes ONGs y en especial con el Programa Podocarpus, hoy son depositarios de los principales resultados logrados por este proyecto.
En 1997 se crearon las Carreras de Manejo y Conservación del Medio Ambiente y Acuacultura, esta última (Programa Carrera) con dos promociones.
El 7 de agosto del año 2001 se creó el Programa-Carrera en Producción, Educación y Extensión Agropecuaria (PEEA), como respuesta a una necesidad social), en relación a la necesidad de formar docentes para los colegios técnicos agropecuarios.
Durante el año 2002 y primer semestre del 2003, se produjo el cambio de la estructura académico-administrativa de la UNL, que consistió en la eliminación de las Facultades y la organización del accionar institucional en cinco Áreas Académico-Administrativas (AAA). En este período de transición se ha impulsado, tanto la construcción de líneas de investigación-desarrollo, articuladas a los problemas prioritarios de la RSE. Al conformarse el Área Agropecuaria y de Recursos Naturales Renovables, se integraron como parte de su estructura las Facultades de Ciencias Agrícolas y Ciencias Veterinarias (conservándose las carreras anteriormente citadas), los programas agropecuarios de postgrado, y el Centro Andino de Tecnología Rural (CATER)
